Jeomorfoloji Derneği çatısı altında faaliyet göstermesi planlanan 9 ayrı çalışma grubu oluşturulmuştur. 

1) Jeomorfolojide Flüviyal Sistemler Çalışma Grubu

2) Jeomorfolojik Süreçler Çalışma Grubu

3) Yapısal Jeomorfoloji Çalışma Grubu

4) Kıyı - Havza Araştırmaları ve Yönetimi Çalışma Grubu

5) Doğal Afetler ve Afet Yönetimi Çalışma Grubu

6) Jeomorfositler Çalışma Grubu

7) Klima - Jeomorfoloji ve İklim Değişikliği Çalışma Grubu

8) Şehir ve Bölge Planlamada Jeomorfoloji Çalışma Grubu

9) Paleocoğrafya Çalışma Grubu